明治十年，劍心、彌彥、阿薰、左之助一行乘火車來至橫濱，甫至此地，便因與幾個騷擾年輕女子的外國士兵發生爭端，且因此結識了正直的武士時雨瀧魁，他們很快成為好朋友。 時政治格局仍動盪不安，諸多反抗明治的志士不斷向政府機關以及外國大使館發動襲擊。而時雨正是所謂“新維新”運動的領導者，明治以前，他曾是佐幕派彰義隊的領袖之一，其好友“鬼斬”高槻嚴達即死在拔刀齋劍心的刀下，而被他們所搭救的女孩朱鷺正是嚴達的女兒。 造物弄人，讓這些恩怨糾纏的人以如此方式重逢。得知一切的劍心決定不顧一切阻止好友襲擊政府的行動。而另一方面，野心家田母野打算借鎮壓叛亂分子的良機圖謀不軌……